Díky tomu, že kontrola začala již v průběhu účetního období roku 2023, mohla TAČR průběžně opravovat významné nedostatky zjištěné kontrolory NKÚ. V účetnictví se jednalo o chyby, které by měly ve výši 15,6 mld. Kč vliv na zůstatky položek účetní závěrky TAČR za rok 2023.

Účetní opravy se týkaly zejména oblasti nákladů a podmíněných závazků z poskytovaných podpor výzkumu a vývoje. TAČR kromě toho provedla i odpovídající systémová opatření ve vedení účetnictví a výkaznictví. Po provedených opravách bylo účetnictví TAČR podle názoru NKÚ vedeno v souladu s právními předpisy a účetní závěrka podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

V původním návrhu závěrečného účtu TAČR zjistili kontroloři četné nedostatky, které by měly vliv na jeho vypovídací hodnotu. V údajích předkládaných Technologickou agenturou ČR pro hodnocení plnění státního rozpočtu za rok 2023 zjistil NKÚ nevýznamnou chybu. I tyto nedostatky TAČR opravila. Výsledně jsou proto údaje závěrečného účtu TAČR i údaje, které předložila pro hodnocení plnění státního rozpočtu za rok 2023, podle NKÚ spolehlivé.

Vnitřní kontrolní systém TAČR byl po opatřeních přijatých v průběhu kontroly v prověřovaných oblastech vyhodnocen ze strany NKÚ jako účinný.