O činnost ústavu, jehož cílem je bádání o totalitě, se nyní pře hlavně ČSSD a ODS, navzájem se viní z politických tlaků. Hermana odvolala hlavní rada ÚSTR, ten s tím nesouhlasí, považuje rozhodnutí za zpolitizované. Podle Hermana i ODS chtějí ČSSD a KSČM ovládnout Archiv bezpečnostních složek s dokumenty z dob komunismu. Opozice nařčení odmítá.

Vědecká rada je odborný poradní orgán pro badatelskou činnost ÚSTR. Členy na návrh ředitele ÚSTR schvaluje hlavní rada instituce. Členové vědecké rady se například vyjadřují k výroční zprávě a ročním plánům badatelské a ediční činnosti. Funkce člena vědecké rady je na rozdíl od člena hlavní rady neplacená.