V průběhu prací se postupně zvyšovaly požadavky na kvalitu vyčištěných vod i na technické řešení. V období let 1999 – 2001 byla čistírna intenzifikována. V roce 2002 ji značně poškodila povodeň. Náprava škod proběhla v letech 2002 – 2003 s finančním příspěvkem EU. Modernizace jednotlivých provozních celků se dělá průběžně, od roku 2014 začala obnova aeračního systému aktivačních linek spolu s rekonstrukcí původního automatického řídicího systému a datových linek. V roce 2019 a 2020 došlo i na modernizaci technologie odvodnění kalu.