Důvodem odstranění původních lip je jejich zdravotní stav, podobně jako vysoký vzrůst stromů. Svou výškou 21 – 23 m již dosahují nad průčelí kostela, zakrývají okna a jejich větve do nedávna zasahovaly až na fasádu budovy. Odbor ŽP MěÚ Soběslav zadal již v září roku 2016 posudek zdravotního stavu obou lip. První posudek vyhotovil pan Miroslav Kohel ze Želivy, soudní znalec v oboru ochrana přírody - dendrologie a posuzování dřevin. Z různých důvodů (které se dočtete v přiloženém posudku na konci tohoto článku) vynesl nad stromy verdikt v následujícím znění: „Z bezpečnostních a dalších popsaných důvodů navrhuji radikální řešení celkovým odstraněním obou stromů v době nejbližšího období vegetačního klidu.“ Zároveň v závěru posudku uvádí, že na místě odstraněných lip není možné provést náhradní výsadbu a že výsadba lip v tomto prostoru a v těchto vzdálenostech byla jednoznačně chybnou volbou.

Informace o záměru města odstranit lípy se však nesešla s pozitivním ohlasem všech občanů Soběslavi. Proti radikálnímu řešení vystoupili někteří zástupci z řad Pirátů pro Soběslav podobně jako spolek Soběslávka, který si v listopadu r. 2016 nechal vypracovat další posudek. Jeho autorem je Mgr. Zdeněk Tesař z Třeboně – znalec oboru ochrany životního prostředí se specializací na hodnocení stavu dřevin. Ten je k lípám mírnější. Podobně jako předchozí posudek poukazuje na sesazení korun v minulosti a s tím související defekty a poškození. U obou stromů doporučuje redukční řez. Oba stromy mají dle posudku střednědobou perspektivu – tj. životnost na dalších 10 – 20 let.