Kolísání hladiny je  totiž stanoveno tak, aby nemohlo docházet k poškozování ptačích hnízd zaplavováním a naopak aby vznikaly cenné přírodní biotopy v době, kdy je to nejvíce potřeba. Voda se využije také pro zaplavování vysychajících lužních lesů na dolním toku Dyje.

„Samo rozkolísání hladiny je návratem k přirozenému stavu, v minulosti byly mělčiny a mokřady s proměnlivou výškou hladiny běžné, na jaře přicházely povodně, léta byla sušší. Současný stav nevyhovuje ani ochraně přírody, ani vodohospodářům,“ vysvětluje Stanislav Koukal z Agentury ochrany přírody a krajiny ČR. 

Rozkolísání hladiny je jen jedním z mnoha opatření, která by měla zlepšit přírodní podmínky v řadě cenných míst na jihu Moravy. Dosavadní mnohaleté udržování stálé hladiny nevyužívalo všechny možnosti, které by mohla Věstonická nádrž poskytovat – jak pro přírodu, tak pro hospodaření s vodou. To by se nyní mělo změnit. První etapa úprav, které se odehrály přímo ve střední nádrži a jsou zaměřeny převážně na zlepšení podmínek pro hnízdění ptáků, již proběhla. Povodí Moravy využilo odborná doporučení nejen od státní ochrany přírody, ale i od odborných nevládních organizací.

Pro soutok Moravy a Dyje, který je evropsky významnou lokalitou a měl by se stát chráněnou krajinnou oblastí, je obnova vodního režimu nejdůležitější nezbytnou změnou. S Povodím Moravy a Lesy ČR nyní AOPK ČR spolupracuje na projektu, který zaplavování lužních lesů umožní a který věcně souvisí s právě s komplexem úprav na vodním díle Nové Mlýny.