Za rok fungování EET od 1. prosince 2016 do 13. prosince 2017 bylo v Jihočeském kraji provedeno 4 260 kontrol dodržování povinností zákona o evidenci tržeb, z toho 3 786 kontrol bylo provedeno Finanční správou a 474 kontrol Celní správou České republiky. Kontroloři Finanční i Celní správy ČR našli pochybení ve zhruba 26 % případů. V jednom případě přistoupili pracovníci Celní správy ČR k uzavření provozovny. Při opakovaných kontrolách totiž zjistili, že si poplatník nevyzvedl potřebné autentizační údaje a neevidoval tedy tržby.