Pokud nebyla studna (např. povodní) přímo zasažena, je nutné zkontrolovat, zda voda ve studni nezměnila svoji barvu, zákal, pach či chuť, popř. zda se hladina vody ve studni mimořádně nezvýšila. Pokud k takovým změnám v kvalitě vody došlo, je potřeba vodu odčerpávat, dokud se zase její organoleptické vlastnosti (barva, zákal, pach a chuť) nevrátí ke stavu před povodní. Do té doby by se voda neměla používat k pití a čištění zubů, nebo jen po převaření. Pokud již voda smyslově vypadá jako dřív, popř. pokud je jen zvýšená hladina vody, ale její kvalita se nezměnila, je nutné provést jednorázovou „šokovou“ dezinfekci. Dávka volného chloru by se měla pohybovat mezi 0,5 – 1,0 mg/l (doporučení pro dávkování běžných dezinfekčních přípravků najdete dále v textu) a doba působení nejméně 12 hodin (např. přes noc). Poté by se měla voda částečně odčerpat. Pít ji lze ve chvíli, kdy je již po chuťové stránce (zápach po chloru) pro uživatele přijatelná. Po 1-2 týdnech by se měl nechat udělat krácený rozbor vody pro potvrzení stavu.

Pokud voda ve studni nejeví žádné změny a i její hladina je v obvyklé výši, stačí prohlédnout zhlaví a obsyp studny, zda do ní nemůže zatékat. Preventivně je možné provést jednorázovou dezinfekci vody. Dávka aktivního chloru by se měla pohybovat okolo 0,5 mg/l a doba působení nejméně 2 hodiny, pokud dojde k důkladnému promíchání aplikovaného přípravku v celém sloupci vody (lze dosáhnout opakovaným zapnutím a vypnutím čerpadla).

Pokud byla studna povodní přímo a zjevně zasažena, bývá většinou nutné provést kompletní sanaci. K sanaci (vyčištění a znovuuvedení do použitelného stavu) je ale možné přistoupit až tehdy, kdy to nejenom dovolí vnější podmínky (opadnutí povodňové vlny, odstranění nánosů bahna ad.), ale také až dojde k poklesu zvýšené hladiny spodních vod. V průběhu povodně totiž dochází k velkému zvýšení hladiny podzemních vod jednak vlivem zvýšené hladiny v okolních tocích, jednak vlivem velkého nasycení země od nadměrných srážek. Do studny se pak dostává voda zcela jinými vrstvami zemin než obvykle, tudíž se i její kvalita může lišit od standardních podmínek.

Způsoby sanace se budou poněkud lišit v závislosti na typu studny (kopaná (šachtová) nebo vrtaná), proto je zde uvádíme odděleně.