Nadměrný odpočet DPH, tedy nárok na vrácení peněz od státu, vzniká podnikateli v případě, když odpočet daně z nákupů převýší daň z jeho prodejů. Kontroloři NKÚ zjistili, že MF, GFŘ a FÚ téměř dva roky (22 měsíců) nerespektovaly nález Ústavního soudu (ÚS) a i po jeho vydání dlouhodobě zadržovaly některým podnikatelům celé částky uplatňovaných nadměrných odpočtů DPH, přestože prověřovaly pouze jejich část. Průměrné roční inkaso DPH před uplatněním nadměrných odpočtů DPH dosáhlo v kontrolovaných letech 817,8 mld. Kč.

Průměrné roční uplatněné nadměrné odpočty pak dosahovaly téměř 358 mld. Kč. Celkový stav zadržovaných nadměrných odpočtů DPH ke konci jednotlivých let 2019–2022 činil v průměru jednu miliardu korun.

S řešením, které by odpovídalo nálezu ÚS, vyčkávalo GFŘ na novelu zákona. Ta ale začala platit až v únoru 2021. Umožnila nezadržovat celý nadměrný odpočet DPH a vyplatit daňovému subjektu jeho neprověřovanou část, u které nevznikly pochybnosti či nejasnosti.