Jak totiž ukázala kontrola NKÚ, Ministerstvo pro místní rozvoj (MMR) nastavilo pro čerpání prostředků z tohoto programu obecné a neměřitelné cíle. Není proto možné posoudit a změřit přínosy dotace pro cestovní ruch jako celek. Kontrola ukázala, že chyby v systému umožnily podpořit i neúčelné a nehospodárné projekty. Nedostatky odhalil NKÚ také u části kontrolovaných příjemců podpory. U pěti z 19 prověřovaných projektů zjistil skutečnosti nasvědčující porušení rozpočtové kázně.

Příjemce podpory má povinnost předložit MMR dokumentaci k závěrečnému vyhodnocení akce. Tyto materiály jsou pro MMR stěžejní pro posouzení, zda podpořené projekty dosáhly stanoveného účelu. NKÚ však zjistil, že MMR zmíněnou dokumentaci ve většině případů nezkontrolovalo ani tři roky po ukončení projektu. Tím pádem nemá aktuální, správné a úplné informace o efektivnosti akce. Podle NKÚ jde o závažné selhání vnitřního kontrolního systému MMR.