Dnes je v České republice stále vzácnějším druhem, jehož početnost je trvale snižována především intenzivním rekreačním rybolovem, znečištěním a oteplováním klimatu. Ačkoliv je na Šumavě stále ještě hojný, v dolních úsecích Vltavy pod městem Volary již silně ubývá právě pro příliš intenzivní rybolov a konkurenční tlak ryb migrujících z Lipna.

Lipan podhorní se v roce 2019 dostal do zájmu odborníků z katedry zoologie a rybářství České zemědělské univerzity v Praze, kteří sledováním vybraných jedinců chtěli zjistit, na jaké vzdálenosti lipani migrují a kde se rozmnožují.

„Pro náš monitoring jsme si vybrali šumavské toky z toho důvodu, že právě ty už jsou jedním z mála míst, kde je možné migrace ryb zaznamenat v původní formě. Například pstruzi obecní z horního úseky řeky Otavy pravidelně migrují až k pramenům řeky Křemelné a řekou Vydrou putují do Modravského a Roklanského potoka a odtud až do hraničních potoků jako jsou Březnický, Luzenský nebo Rokytka,“ seznamuje se zajímavostmi rybích migrací Ondřej Slavík z katedry zoologie a rybářství České zemědělské univerzity v Praze.