Příprava rekonstrukce byla v průběhu projekčních prací opakovaně konzultována se zástupci pražského územního pracoviště NPÚ. Během těchto konzultací byl nastaven základní přístup k objektu Nové scény. Výsledná dohoda umožní zachování památkových hodnot stavby i zlepšení divadelního zázemí tak, aby odpovídalo moderním provozním požadavkům. Dohoda byla uzavřena v souladu s návrhem na prohlášením objektu za individuálně chráněnou nemovitou kulturní památku.

Národní památkový ústav se při ochraně kulturně historických hodnot zaměří na vnější plášť stavby, zejména na prosklené fasády, které byly záměrně navrženy tak, aby reflexně odrážely historickou budovu Národního divadla. V interiéru objektu bude NPÚ dbát na zachování veřejných interiérů, tedy prostorů od pokladen přes schodiště, foyer, restaurační a kavárenské provozy až po předsálí divadelních sálů. Pozornost se zaměří na celkové řešení daných prostor i na jednotlivé uměleckořemeslné detaily.