Před volbami do Poslanecké sněmovny se zdálo, že prezident Miloš Zeman stojí na straně Andreje Babiše. Po sněmovních vítězných volbách Zeman jmenoval Babišovu vládu, ač dobře věděl, že Babiš nezíská podporu ve Sněmovně. Chtěl odstavit od moci vládu Bohuslava Sobotky (ČSSD). Před prezidentskými volbami zase Andrej Babiš podpořil Miloše Zemana.

Ale potom, co Miloš Zeman obhájil prezidentský post, začalo spojenectví obou pánů chladnout. Prezident Miloš Zeman se např. stavěl kriticky k vyhošťování tří ruských diplomatů z Česka. Babiš je přesto nechal vyhostit. Stejně tak dává Babiš najevo, že nechce připustit hlasování o odchodu z EU a z NATO v referendu. Zeman dává najevo, že by proti takovému referendu nic neměl, byť by podle svých vlastních slov hlasoval pro setrvání v EU.