Současně proběhne i vnitřní reorganizace a dojde k přesunu agend v rámci magistrátu i mezi magistrátem a úřady městských obvodů. Zde je stručný výčet těch nejdůležitějších změn:

Všechny dávkové agendy přecházejí na úřad práceJedná se především o dávky pomoci v hmotné nouzi, tzn. příspěvek na živobytí, doplatek na bydlení a dávky mimořádné okamžité pomoci. Tyto dávky dosud vyplácely úřady městských obvodů a také magistrát, který tuto službu vykonával i pro občany řady okolních obcí. Z magistrátu na úřad práce dále přechází agenda dávek pro zdravotně postižené. Těmi se nově rozumí příspěvek na mobilitu a příspěvek na zdravotní pomůcky. Tyto dvě dávky od ledna nahrazují dosavadních osm dávek, o něž mohli žádat zdravotně postižení občané. V této oblasti bude úřad práce nyní administrovat i vydávání průkazu mimořádných výhod. Z magistrátu mu bude rovněž předána agenda související s příspěvkem na péči a z jednotlivých obvodů organizace veřejné služby. Úředníky, kteří zajišťují výplatu dávek a další zmiňované agendy, bude i po jejich přechodu pod úřad práce ještě minimálně do konce ledna 2012 možné nalézt ve stávajících magistrátních prostorách na náměstí Republiky (budova bývalého okresního úřadu). Od února by se tyto agendy měly přestěhovat do bývalé budovy krajského úřadu v Jiráskově ulici, kde jsou některé z agend úřadu práce umístěny už dnes.