Rozsáhlá stavba byla velmi komplikovaná na přípravu a náročné bude i její řízení. Při přípravě celého projektu absolvovalo vedení radnice sérií jednání mimo jiných organizací s Českými dráhami, s ČD Cargo a se Správou železniční dopravní cesty (SŽDC). Investorem přestupního terminálu, tedy autobusové části, je Město Třebíč, koordinátorem stavby Odbor dopravy Městského úřadu Třebíč. Investorem navazujících úprav kolejiště je Správa železniční dopravní cesty.

V 1. etapě bude za investorství Města Třebíče vybudován autobusový přestupní terminál. Terminál se bude skládat z 8 zastávek pro autobusy. Každá bude vybavena označníkem a přístřeškem. Příjezd k terminálu ve směru z Nádražní ulice bude tvořen kruhovým obratištěm. Současné parkoviště před nemocnicí se kompletně změní. Vznikne tam nová kapacitní křižovatka a nové parkoviště. V prostoru kolem autobusového terminálu vznikne celkem 112 parkovacích míst pro osobní automobily. Parkovací plochy se přesunou východním směrem, stejně jako nástupiště do vlaku. Celkové investiční náklady na zbudování přestupního terminálu jsou podle projektu 65 milionů korun (bez DPH). Z toho 50 milionů korun bude hrazeno z dotace Evropské unie, zbytek zaplatí město ze svého rozpočtu.

V 2. etapě dojde za investorství SŽDC k úpravám kolejiště. Nákladová rampa se přesune do jižní části stanice do prostoru podél Riegrovy ulice. Novinkou bude zbudování nového bezbariérového nástupiště u první koleje, ze kterého bude možné pohodlně přestupovat z vlaků přímo do autobusů.

V 3. etapě, kde bude investorem opět SŽDC, dojde k revitalizaci trati Zastávka u Brna – Okříšky. V kolejišti třebíčského nádraží vznikne ostrovní nástupiště, ke kterému budou cestující chodit novým podchodem.

Ve 4. etapě se plánuje přestavba výpravní budovy železniční stanice. Cílem adaptace bude uzpůsobit ji tak, aby pojmula více cestujících. Hala s přepážkami pro prodej jízdenek se o kousek posune východním směrem. Uvnitř vznikne také několik obchůdků.

Kolejové úpravy železniční stanice Třebíč mají být zahájeny v září až říjnu 2014. Přestupní terminál by měl být hotov na jaře 2015, kolejové úpravy asi na podzim 2015. Představitelé SŽDC přislíbili urychlení své stavby. V případě komplikací může terminál fungovat odděleně i bez kolejových úprav. Pro adaptaci výpravní budovy zatím nebyl stanoven termín. Lze předpokládat, že to bude v průběhu roku 2015, možná 2016.

Co bude se současným autobusovým nádražím? Autobusové nádraží na Stařečce zůstane zachováno v redukované podobě. Na nový přestupní terminál by měly zajíždět především spoje, u kterých se podle průzkumu předpokládá největší zájem lidí o přestup na vlak.