Soudy jako orgány měly být jednotné, ale vnitřně členěné na civilní, trestní a správní soudnictví. Teprve v parlamentu byl do výčtu soudů uveden Nejvyšší správní soud. Změna nebyla provázaná s kompetencemi prezidenta. Proto jmenování předsedy a místopředsedy Nejvyššího soudu prezidentem republiky přímo z Ústavy je bez kontrasignace premiéra, zatímco totéž na Nejvyšším správním soudě je dáno jen obyčejným zákonem a podrobeno kontrasignaci.

Správní soudnictví je na druhém stupni (Nejvyšší správní soud) organizačně samostatné, zatímco na prvním stupni je součástí obecných krajských soudů. Tento asymetrický model byl v roce 2002 uzákoněn, protože vypuštění Nejvyššího správního soudu a vtělení správního soudnictví formou správního kolegia do Nejvyššího soudu na jedné straně, jakož i doplnění soudní soustavy o krajské správní soudy na druhé straně by znamenalo ústavní změnu. A tak byl zaveden model, který nynější předseda Nejvyššího správního soudu Michal Mazanec nazval kočkopsem.

Nicméně systém funguje a při vzniku soudního řádu správního bylo dosaženo zákonného funkčního oddělení správního soudnictví od jiných činností v rámci krajského soudu. Podle soudního řádu správního ve správním soudnictví rozhodují na krajském soudě specializované senáty. Z toho plyne, že skupina správních soudců má být odlišena od skupiny ostatních soudců na krajském soudě z hlediska předmětu jejich soudního rozhodování. Prostě v rámci specializace soudců na krajském soudě nemají být soudci pro všechno.