Piráti obdrželi od ministra Blažka odpověď na interpelaci, že zahrnutí zpovědního tajemství do smlouvy bylo nezbytnou podmínkou Vatikánu. Blažek rovněž tvrdí, že rozšířit zpovědní tajemství nad rámec aktuálně stanovený českým právním řádem nemělo být účelem smlouvy. Piráti na rizika spojená s rozšířením zpovědního tajemství opakovaně upozorňují. Mohlo by totiž chránit viníky namísto obětí a ztížit vyšetřování závažných trestných činů. Proto navrhují, aby dopady smlouvy posoudili nezávislí experti na ústavní a mezinárodní právo.

Jedním z nejkontroverznějších bodů smlouvy je rozšíření zpovědního tajemství, které by se mohlo vztahovat nejen na kněze, ale i na další osoby, které si církev sama určí. To by mohlo vytvořit neproniknutelnou bariéru pro vyšetřování závažných trestných činů, včetně sexuálního zneužívání.

„Svatý stolec zahrnutí institutu zpovědního tajemství považoval za podmínku uzavření smlouvy,” uvedl v odpovědi na interpelaci Jakuba Michálka ministr spravedlnosti Pavel Blažek. „Byli jsme ujištěni Ministerstvem zahraničních věcí, že by nemělo dojít k rozšíření zpovědního tajemství nad rámec aktuálně stanovený českým právním řádem,” uvedl Blažek v odpovědi na písemnou interpelaci (viz příloha k tiskové zprávě). Text smlouvy ovšem pracuje s tím, že mlčenlivost nemají jen duchovní, ale i další pastorační pracovníci.