O významu oblasti Soutoku, nových poznatcích i o návrzích na její územní ochranu AOPK ČR pravidelně informuje ZDE.

Odklon od holosečné formy hospodaření, vedoucí ke vzniku stejnověkých monokultur na rozsáhlých plochách a ohrožující mnohé vzácné druhy rostlin i živočichů AOPK ČR navrhuje ve všech zpracovaných materiálech. Více ZDE.

Ve správě Agentury ochrany přírody a krajiny ČR  je pouze nepatrná část území Soutoku, konkrétně národní přírodní rezervace (NPR) Ranšpurk a NPR Cahnov–Soutok, dále proti proudu Dyje pak NPR Křivé jezero a národní přírodní památka (NPP) Pastvisko u Lednice, tzn. celkem 224 hektarů. Na většině plochy obou velkých evropsky významných lokalit (dále EVL) „Soutok–Podluží“ a „Niva Dyje“, které dohromady pokrývají téměř 13 000 hektarů, je v současnosti orgánem ochrany přírody Krajský úřad Jihomoravského kraje.