Hlavním úkolem Celní správy ČR je chránit domácí trh výběrem cla z dováženého zboží a dohlížet, aby neohrožovalo zdraví a životy nejen lidí, ale i zvířat a rostlin. Podílí se tak na obchodní a regulační politice státu a z velké části také naplňuje státní rozpočet.

Celní úřady tak spravují cla, spotřební daně a v rámci dělené správy také řadu peněžitých plnění, ať už povinných odvodů a poplatků, ale z velké části především vymáhají nedoplatky pokut uložených jinými státními orgány (Policií ČR, ČOI, ÚOHS a dalšími) včetně justičních pohledávek a pohledávek obcí.

V loňském roce došlo u Celního úřadu pro Jihomoravský kraj k zásadnímu nárůstu výběru spotřební daně z minerálních olejů (přibližně dvě miliardy), vymožených nedoplatků v rámci dělené správy (přibližně 338 milionů) a v menší míře i příjmů z celního řízení (přibližně 120 milionů).