Chod systému MS2014+ je dán jednak technickým nastavením, jednak dobrým vyškolením uživatelů a důkladnou přípravou vyhlašovatelů jednotlivých výzev. Použití dvoukolového modulu hodnocení, který zvolilo MPO pro svůj OP PIK, je výrazně náročnější na administrativní proces hodnocení u vyhlašovatelů. Je proto třeba, jak pracovníci MMR své kolegy z MPO dopředu instruovali, adekvátně prodloužit dobu potřebnou k zadávání žádostí. To se bohužel nestalo a pracovníci OP PIK tak museli přistoupit k prodloužení doby podávání žádostí u tohoto programu.