U konkrétních obcí a vodohospodářských společností pak kontroloři prověřili, jak peníze využívaly. NKÚ zkontroloval 22 akcí za 1,2 miliardy korun, z čehož polovinu tvořily peníze ze státního rozpočtu. Kvůli nedostatečnému řízení, roztříštěným kompetencím a chybějící komunikaci mezi orgány stále chybí v České republice plně funkční systém, který by zajistil trvalou udržitelnost vodovodů a kanalizací. Česká republika navíc nesplnila podmínky Evropské unie týkající se čištění odpadních vod a hrozí jí za to sankce.

Do konce roku 2010 měla být podle Evropské unie zajištěna určitá úroveň shromažďování a čištění odpadních vod. Splnění evropských požadavků mělo podle Ministerstva zemědělství přijít na 75 miliard korun. Náklady měly rovným dílem pokrýt peníze z Evropské unie, státního rozpočtu a od investorů. V polovině roku 2015 ale tyto požadavky EU stále nesplňovaly aglomerace s celkovým počtem 1,7 milionu ekvivalentních obyvatel , z nichž většinu tvořila Praha a okolní obce. Náklady na jejich splnění Ministerstvo zemědělství odhadlo na sedm až osm miliard korun, přičemž nejvíce peněz bude potřeba na dobudování ústřední čistírny odpadních vod v Praze. Podle kontrolorů se podmínky Evropské unie podaří České republice naplnit nejdříve v roce 2021, tedy minimálně 11 let po termínu.