Čerpání z OPPIK vázlo a program je v porovnání s ostatními operačními programy v tomto ohledu na posledním místě. NKÚ také oznámil finančnímu úřadu podezření na porušení rozpočtové kázně za 1,3 milionu korun, spojené především s čerpáním peněz na vzdělávací akce, které byly ve skutečnosti spíše společenskými akcemi.

OPPIK je z pohledu objemu peněz třetím nejvýznamnějším operačním programem – pro Českou republiku je v něm v programovém období 2014–2020 vyčleněno téměř 112 miliard korun. Čerpání těchto peněz ale vázlo. Ke konci prvního čtvrtletí letošního roku rozhodlo MPO o přidělení necelých 57 miliard korun, což představuje zhruba 54 % ze všech vyčleněných peněz. Příjemcům podpory pak bylo proplaceno jen necelých 23 miliard korun, tedy přibližně 22 % z připravených peněz. Z pohledu čerpání je tak OPPIK ve srovnání s ostatními devíti operačními programy na posledním místě. Pro vysokou (14%) chybovost v projektech Evropská komise také v dubnu roku 2018 rozhodla u OPPIK o pozastavení proplácení peněz, které trvalo rok a půl.