Kontroloři zjistili, že kapacity VLRZ byly sice v kontrolovaném období využívány z 82 %, ale nad službami pro vojáky a zaměstnance ministerstva a armády převládal komerční provoz. Majetek státu tak nebyl většinově využíván k plnění základního účelu, ke kterému byla VLRZ zřízena. MO navíc nesledovalo, jak a na co své kapacity VLRZ využívají. Kontroloři zjistili, že VLRZ nevedla v kontrolovaném období správně účetnictví a použila téměř 60 milionů korun na jiný účel, než na jaký měla, čímž se dopustila porušení rozpočtové kázně. Chyby našla kontrola i v zadávání veřejných zakázek na stavební práce.

VLRZ mají ve své správě rekreační a lázeňská zařízení, jako jsou například vojenské zotavovny, vojenské lázeňské léčebny, Vojenský rehabilitační ústav či Domov pro válečné veterány Karlovy Vary. Tato zařízení mají sloužit pro potřeby MO a ozbrojených sil. Kontroloři ale zjistili, že v letech 2012 až 2015 je využívali vojáci a zaměstnanci ministerstva jen z 36 % jejich kapacity, zatímco pro komerční činnost bylo využíváno 46 % kapacity všech zařízení. Zbytek zůstal neobsazený. Ministerstvo navíc využívání kapacit pro hlavní a jinou činnost nesledovalo ani nevyhodnocovalo odděleně. Nemělo tak přehled, jestli lázně a rekreační zařízení slouží svému účelu, tedy k rekreaci vojáků a zaměstnanců ministerstva.