Kontrola začala v průběhu účetního období 2023. MMR proto mělo možnost průběžně opravovat nedostatky, které kontroloři zjistili. Hodnota nedostatků byla významná, neboť vliv na účetní závěrku by v případě neprovedení oprav byl 2 651 mil. Kč. Po provedení oprav sestavilo MMR účetní závěrku, která dle NKÚ podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví, a předložilo údaje pro hodnocení plnění státního rozpočtu, které jsou dle NKÚ spolehlivé.

Kontroloři zjistili, že MMR ve dvou případech porušilo rozpočtová pravidla, když neodvedlo do státního rozpočtu příjmy státního rozpočtu a místo toho je ponechalo na účtu cizích prostředků. Dle NKÚ se jedná o skutečnosti nasvědčující porušení rozpočtové kázně ve výši 15,6 mil. Kč.