Z Všeobecné pokladní správy se mají hradit výdaje, které mají všeobecný charakter a nespadají do působnosti jiné rozpočtové kapitoly. Navzdory tomu MF v roce 2013 uvolnilo z VPS celkem 2,3 miliardy korun na projekty, které měly být ve schváleném státním rozpočtu zahrnuty v rozpočtových kapitolách příslušných ministerstev. Tyto prostředky získaly například Ministerstvo vnitra, Ministerstvo zahraničních věcí, samotné MF či Česká unie sportu.

Součástí VPS je i vládní rozpočtová rezerva, která slouží k pokrytí nezbytných a neočekávaných výdajů. Kontrola ukázala, že MF z ní uvolnilo celkem 442,9 milionu korun na úhradu výdajů, které byly předvídatelné nebo u kterých MF neověřilo, jestli příslušní správci kapitol nejdřív hledali prostředky k pokrytí těchto výdajů ve svých vlastních zdrojích, což by podle rozpočtových pravidel měli.