Kontroloři se také zaměřili na ministerstvem uhrazené úroky z prodlení a náklady řízení. Konkrétně prověřili vzorek 457 případů, v jejichž rámci stát poškozeným vyplatil téměř 455 milionů korun. Stranou nezůstaly ani tzv. regresní úhrady – u těch se NKÚ zabýval 42 případy v celkovém objemu více než 80 milionů korun. Kontrola ukázala, že MSp vypořádávalo žádosti o odškodnění často se zásadním zpožděním, v řadě případů se jimi začalo zabývat až poté, kdy poškozený podal žalobu.

MSp v kontrolovaných letech vypořádalo téměř polovinu žádostí o odškodnění až po uplynutí zákonné lhůty šesti měsíců. Rozsah prodlení byl v rozpětí od několika dnů až po krajní případ, kdy zpoždění dosáhlo 1 145 dnů.