Kontrola také ukázala, že MŠMT na změny v inkluzi nepřipravilo dostatečně školy ani pedagogy. Na inkluzi žáků ve vyloučených lokalitách se vyčerpala jen polovina připravených peněz především kvůli nezájmu obcí. Podporu získaly v některých případech i projekty, u kterých není jisté, že pomohou žákům se speciálními potřebami nebo sociálně znevýhodněným žákům.

Peníze na podporu společného vzdělávání se rozdělují ze tří operačních programů, jsou to Výzkum, vývoj a vzdělávání (OP VVV), Praha – pól růstu a Integrovaný regionální operační program. NKÚ prověřil konkrétní projekty, které získaly z těchto programů více než 9 miliard korun. Příjemci dotací byli jak ze státní správy, neziskových organizací, tak i regionální a vysoké školy nebo regiony se sociálně vyloučenými lokalitami.

Systémové změny vzdělávacího systému začaly už v roce 2009, klíčová pro inkluzi byla však změna legislativy, kterou spustilo MŠMT v roce 2016. Nezvládlo ale včas připravit pedagogy v běžných školách na práci s žáky s různými speciálními potřebami. Samotné projekty na vzdělávání pedagogů a metodickou podporu tak běží fakticky až od roku 2018.