Ačkoli je systém ochrany obyvatelstva strategickým zájmem České republiky a v době zhoršené bezpečnostní situace v Evropě nabývá na důležitosti, zjistila kontrola celou řadu zásadních nedostatků. MV např. nezabezpečilo dostatečný počet prostředků individuální ochrany, jako jsou např. masky či ochranné obleky. Ani po 20 letech nedokončilo obměnu rotačních sirén a nespustilo plánovaný webový portál pro veřejnost. Neaplikovalo v praxi ani výsledky výzkumu, jehož výstupem jsou mj. funkční vzorky prostředků individuální ochrany. Počet stálých úkrytů se v ČR od roku 2010 snížil o 32 %. Tuto situaci měly pomoci řešit legislativní změny – MV je však dosud neiniciovalo.

Jedním ze zásadních zjištění NKÚ je fakt, že MV nezajistilo právními předpisy stanovený počet prostředků individuální ochrany, jako jsou např. masky, ochranné obleky, dětské vaky a další materiál sloužící k ochraně obyvatel. NKÚ odhalil, že již od roku 2015 se tyto prostředky vzhledem k úsporným opatřením nedoplňují. Navíc kontrolu funkčnosti těchto ochranných prostředků dokončilo MV k roku 2022 jen u 15,8 % z jejich celkového počtu.