Kontrola se zaměřila jak na instituce, pod které výzkum a vývoj spadají – Úřad vlády a vybrané resorty1], tak i na příjemce podpory v podobě vybraných vysokých škol a veřejných výzkumných institucí2]. Z kontroly vyplynulo, že stávající systém nevytváří vždy ideální podmínky, aby vznikaly výsledky uplatnitelné v praxi, a nepřispívá ke zvyšování konkurenceschopnosti ČR. Zároveň se nedaří vyřešit některé dlouholeté problémy, které výzkum a inovace provázejí.

Přestože výdaje na výzkum a vývoj ve veřejném sektoru od roku 2010 celkově rostly, inovační výkonnost ČR klesala.3] V roce 2010 byly výdaje na výzkum a vývoj v ČR přibližně o pětinu nižší, než byl průměr v zemích Evropské unie. V roce 2015 bylo množství peněz investovaných do výzkumu a vývoje už o čtvrtinu nad evropským průměrem. Inovační výkonnost ČR přitom ale ve stejných letech klesala – v porovnání s evropským průměrem z 88 % na přibližně 84 %.

Navzdory rostoucímu množství peněz stále provází výzkum a vývoj dlouhodobé problémy, které se nedaří řešit. Jde například o nízký počet nově registrovaných patentů – problém známý už minimálně 15 let – což souvisí s malým množstvím výsledků uplatnitelných v praxi. V počtu patentů ČR nedosahuje ani třetiny průměrné hodnoty zemí Evropské unie.