Kontroloři prověřili například to, jakým způsobem tyto nemocnice nakupovaly léčiva a zdravotnické prostředky, a na vzorku 35 druhů léčiv a 20 druhů zdravotnického materiálu také porovnali ceny, za které nemocnice toto zboží pořizovaly. Zaměřili se také na to, jak Ministerstvo zdravotnictví (MZd) a Ministerstvo obrany plnily roli zřizovatelů těchto nemocnic. Kontrola ukázala, že nemocnice pořizovaly léčiva a zdravotnický materiál velmi často bez zadávacího řízení, nezřídka na základě přímých objednávek. Z porovnání cen pak vyplynulo, že nemocnice nakupovaly shodná léčiva a zdravotnické prostředky i za podstatně rozdílné ceny, a to i od stejných dodavatelů.

Prověřované nemocnice pořizovaly léčiva pomocí zadávacího řízení spíše minimálně, přestože jsou jakožto veřejní zadavatelé povinny tento postup využívat. V případě vzorku tzv. centrových léků ÚVN využila zadávací řízení u 24 % z těchto léčiv, FNM přibližně u 19 % a FNB tímto způsobem nepořídila dokonce žádné z léčiv. U vzorku protiinfekčních léků využila ÚVN zadávací řízení u 29 % pořízených léčiv, FNB u 15 % a FNM jen v pěti procentech případů. Podobné výsledky kontrola zjistila i v případě zdravotnického materiálu, který například FNB nakupovala zcela bez zadávacího řízení. V součtu využívala zadávací řízení nejvíce ÚVN. FNB jej naopak nevyužívala téměř vůbec.