Kontroloři se zaměřili na úplnost a správnost údajů a také na identifikaci případných systémových rizik. V účetní závěrce MZ kontroloři zjistili významné nesprávnosti přesahující 5 miliard korun. Pokud by MZ nepřijalo opatření k jejich nápravě, nesprávnosti ovlivní účetní výkazy za Českou republiku, protože údaje z účetnictví za rok 2015 budou poprvé sloužit jako podklad pro sestavení těchto výkazů.

Více než 3,4 miliardy korun ze zjištěných nesprávností se týkaly jednoho z podrozvahových účtů. Zmíněný účet slouží k vykazování podmíněných závazků ministerstva jako poskytovatele dotací konečným příjemcům. MZ nevedlo evidenci tak, aby z ní bylo jasné, z jakých podmíněných závazků se zůstatek tohoto účtu skládá. Při vykazování zůstatku navíc porušilo účetní předpisy. Nesprávnosti u podmíněných závazků mají mimo jiné dopad na vyčíslení nároků na budoucí rozpočet.