Nejvyšší kontrolní úřad prověřil hospodaření s penězi určenými na úhradu pozemkových úprav. Ty rozdělovalo Ministerstvo zemědělství (MZe) z Programu rozvoje venkova a dalších zdrojů. Kontrola se zaměřila na roky 2011 až 2013, v některých případech ale zasáhla i do let předcházejících a následujících. MZe v letech 2007 až 2014 vynaložilo na pozemkové úpravy z různých zdrojů celkem 13 miliard korun. Z výsledků kontroly vyplynulo, že se peníze nedařilo v tomto období čerpat rovnoměrně, ročně se investice do pozemkových úprav pohybovaly od 1,2 do 2,1 miliardy korun. Prostředky z Programu rozvoje venkova tvořily 34 % celkových investic do pozemkových úprav.

V České republice je vlastní realizace navržených pozemkových úprav dlouhodobě velmi pomalá. Od roku 1995 se ve zpracovaných katastrálních územích dokončilo jen 9 % z navrhovaných opatření, která měla za cíl zpřístupnění pozemků, provedení protierozních opatření, dále vodohospodářských opatření a opatření k ochraně a tvorbě životního prostředí. Jejich dokončení může vzhledem k dosavadnímu vývoji trvat ještě několik desetiletí.

Například z navrhovaných protierozních opatření se od roku 1995 podařilo uskutečnit jen 7 %. V České republice je přitom ohroženo zhruba 50 % orné půdy vodní erozí a téměř 10 % erozí větrnou. Většina ohrožené půdy tak není systematicky chráněna a orné půdy trvale ubývá.

Cílem Programu rozvoje venkova bylo zlepšení konkurenceschopnosti zemědělství a lesnictví, zlepšení životního prostředí a krajiny a zlepšování kvality života ve venkovských oblastech. Na nízké čerpání peněz v oblasti pozemkových úprav měl vliv například rozdíl mezi cenami uvedenými v dohodách o poskytnutí dotace a vysoutěženými cenami, který dosahoval až 50 % předpokládaného objemu. Státní zemědělský a intervenční fond (SZIF) ale získal informaci o rozdílu mezi plánovanou a skutečnou cenou projektů v průměru až po 241 dnech. Po tuto dobu SZIF ovšem vázal alokované peníze na daný projekt, a nemohl je proto rozdělit jinam. MZe totiž nestanovilo příjemci dotace povinnost fond neprodleně po uzavření smlouvy se zhotovitelem informovat o sjednané ceně. Pravidla ministerstvo změnilo až v roce 2014.

Podle kontrolorů je složité vyhodnotit, jaké dopady mají uskutečněné pozemkové úpravy. Cíle programu jsou totiž dlouhodobé a obtížně měřitelné. MZe nastavilo pro hodnocení průběhu pozemkových úprav ukazatele, které nevypovídají o naplňování navrhovaných opatření a účinnosti pozemkových úprav. Právní úprava zároveň neumožňuje ministerstvu ani Státnímu pozemkovému úřadu vymáhat provádění navrhovaných organizačních a agrotechnických protierozních opatření. Sankce za jejich neplnění spadají do gesce Ministerstva životního prostředí. Ministerstva ale spolu v této oblasti nespolupracují.