Vážným problémem vyplývajícím z nekoncepční praxe resortu dopravy je nedostatečné čerpání prostředků z fondů EU. Za OP Doprava na roky 2007 – 2013 Česko dosud předložilo Evropské komisi ke schválení proplacení certifikované výdaje ve výši pouhých 55,8 % z celkové alokace [2]. To je u programu s rozpočtem 140 miliard korun žalostně málo. Navíc ne všechny výdaje musí EK schválit – v „nejdivočejších“ dobách realizace OPD zavedla EK na předkládané výdaje plošnou redukci ve výši 10 %.

Kromě hledání možností k dočerpání OP Doprava 2007 – 2013 se nový ministr musí zaměřit na dopracování návrhu nového OP Doprava na období 2014 – 2020. Zde EK požaduje navýšit prostředky pro transevropské železniční tahy a navázat projekty na schválené strategické dokumenty, například týkající se ochrany ovzduší a snižování emisí CO2. Pro schválení nového OPD potřebuje Česko také dopracovat strategie, ze kterých mají projekty vycházet, např. plány na podporu veřejné hromadné dopravy či využití alternativních paliv v dopravě. Komise dále upozorňuje na nereflektování potřeby dosažení cíle „nezabírání žádné půdy navíc“ (no net land take) do roku 2050. [3]

U návaznosti projektů na schválené strategické dokumenty je potřeba zmínit i otázku navrhovaného zákona o liniových stavbách, jehož návrh nyní připomínkují jednotlivá ministerstva. Tato norma může situaci ohledně budoucího schvalování projektů OPD ze strany EK ještě zkomplikovat. Bývalý ministr dopravy Prachař takto navrhl uzákonit tzv. Plán potřeb, tedy  harmonogram budoucí výstavby dopravní infrastruktury. V současné době vymezuje hlavní dopravní stavby vládní Politika územního rozvoje. Navrhovaná forma zákona by napříště přenesla odpovědnost za vývoj dopravní sítě z vlády na parlament, zrušila proces odborného posouzení vlivu tohoto plánu na životní prostředí (tzv. SEA) a vyloučila diskusi s veřejností. Navíc by vnesla další chaos do pravidel pro povolování staveb. Nový ministr by měl tento zbytečný zákon odmítnout. Naopak by měl začít pracovat na zpřesnění Politiky územního rozvoje v rámci probíhající přípravy její aktualizace a spolupracovat s vládními kolegy na zefektivnění společných pravidel rozhodování o stavbách.

Pavel Přibyl k tomu za Dopravní federaci uvádí: „OP Doprava zatím významně přispíval k tomu, že se ČR řadí mezi nejhorší členské státy EU, pokud jde o kvalitu čerpání prostředků z fondů EU. Na to doplácíme všichni: co nám v OPD neproplatí Evropská unie, to bude uhrazeno z kapes českých daňových poplatníků. Je načase, aby si ČR v novém OP Doprava stanovila natolik přesvědčivé priority, aby k jejich financování dokázala v  období 2014 – 2020 evropské fondy úspěšně využívat.“