Zaměřil se také na to, jak nový úřad hospodařil a jak plnil své povinnosti v souvislosti s církevními restitucemi. Kontrola se věnovala zejména období mezi lety 2012 až 2014. Nejzávažnější pochybení v hospodaření SPÚ se týkalo bezúplatného užívání vozidel úřadu pro soukromé cesty zaměstnanců. Zřízení SPÚ v roce 2013 přineslo plánovanou úsporu 227 milionů korun, a to mimo jiné snížením počtu zaměstnanců o 358 lidí. Už v roce 2014 však úřad znovu přijal 215 zaměstnanců. Je otázka, zda v dalších letech úřad dosáhne plánovaných úspor.

Stejně jako v řadě jiných kontrolních akcí kontroloři narazili na nepřiměřeně krátkou dobu mezi přijetím zákona a jeho účinností. Vláda začala s přípravou transformace PF už v roce 2008. Zákon o vzniku SPÚ byl schválen v prosinci roku 2012 a účinnosti nabyl už k 1. lednu 2013. SPÚ tak neměl čas na přípravu ekonomického systému, organizační struktury ani směrnic. Nemohl si také včas zřídit účet u ČNB či přístup do informačního systému Státní pokladny. Až do konce května 2013 tak platil své výdaje provizorním způsobem a nemohl také s předstihem připravit smlouvu na dodání softwaru, přestože musel převzít po PF přes 600 tisíc pozemků, 8 a půl tisíce budov a 200 tisíc smluv.