Slovenský registr označuje Babiše za jednoho z konečných uživatelů výhod činnosti Agrofertu. Slovenské právo takto označuje fyzické osoby, které ovládají nebo kontrolují činnost právnických osob a v jejichž prospěch právnické osoby vykonávají svou činnost nebo obchod.

Babiše za konečného uživatele výhod označují dokumenty v registru vypracované právní kanceláří zastupující Agrofert. Zdůvodňují to skutečností, že je zakladatelem svěřenských fondů, do nichž Agrofert vložil, a zároveň je v postavení obmyšleného, tedy osoby, v jejíž prospěch má být plněno ze strany fondů.

Podle TI skutečnost, že Babiš patří mezi osoby ovládající Agrofert, má právní dopady na střet zájmů a na poskytování dotací holdingu. „Vzhledem k tomu, že se Evropský parlament již dříve usnesl, že by firmy vlastněné politiky neměly získávat dotace, naskýtá se otázka, zda by se neměla znovu přezkoumat způsobilost celého holdingu Agrofert v čerpání veřejných financí,“ uvedl šéf české pobočky TI David Ondráčka.