Ředitel dotačního úřadu Pavel Markvart ovšem kvalitu auditu tvrdě kritizuje, některé výhrady jsou podle něj zcela irelevantní a vycházejí ze špatných podkladů. Zároveň ale připustil, že kdyby ministerstvo financí auditu uvěřilo, mohlo by to znamenat zrušení celého operačního programu a vracení dotací EU, které byly rozděleny u zkoumaných případů mezi subjekty na území Ústeckého a Karlovarského kraje.