Nově byly ustaveny orgány instituce. Na základě výběrového řízení se historicky prvním ředitelem muzea stane Jiří Šesták. Obsazena byla také pozice předsedkyně správní rady, kterou se stala radní hlavního města Prahy Hana Kordová Marvanová, a pozice předsedy dozorčí rady, kterým se stal Zdeněk Zajíček.

„Vznikem muzea tak Praha splácí svůj dluh historii, protože instituce připomínající hrůzy totalitních režimů u nás chybí. Muzeum chceme koncipovat jako moderní instituci plnící vedle sbírkotvorné a vědecké funkce také funkce vzdělávací a osvětové. Za tímto účelem bude spolupracovat s domácími i zahraničními odborníky a institucemi, jejichž činnost přispívá ke stejnému či obdobnému poslání. Ideu Muzea paměti XX. století dlouhodobě podporují více než tři desítky uznávaných nevládních organizací. Například Post Bellum, Konfederace politických vězňů, Člověk v tísni, Junák či Památník Šoa Praha,“ říká radní Hana Kordová Marvanová.