V rámci stavby bude obnovena 4. staniční kolej, u níž vyroste nové nástupiště, zároveň proběhne obnova 2. a 1. staniční koleje. Nástupiště, které nově vznikne u 1. koleje, by mělo plynně navázat na plánovaný autobusový terminál. Obě nástupiště bude spojovat nový podchod v místě toho původního. Stávající odstavné koleje pro nákladní dopravu budou sneseny, nákladní doprava se pak přesune do severní části stanice, kde se položí i nová kolej. 

„V průběhu stavby bude použita technologie mostního provizoria tak, aby došlo k co nejmenšímu omezení železniční dopravy a cestujících,"  sdělil Ing. Martin Turek ze Správy železnic. "Náhradní autobusová doprava bude zavedena pouze na několik týdnů v průběhu června a během rekonstrukce přejezdu v Nádražní ulici."