Ochranné léčení se ukládá podle povahy nemoci a léčebných možností ve dvou formách – ústavní a ambulantní. Soud by měl vždy přihlédnout k povaze nemoci a k léčebným možnostem ve vztahu k zjištěné nemoci zejména z hlediska, zda postačí ambulantní péče, nebo zda je nutné umístit pachatele do příslušného zdravotnického ústavu. V tomto směru se soud opírá především o znalecký posudek o duševním stavu obviněného.

Hlavními cíli ochranného léčení by mělo být léčení duševní poruchy, kterou pachatel trpí a na jejímž základě spáchal trestný čin, izolace společensky nebezpečného pachatele trestného činu, prevence opakování trestného činu v důsledku duševní poruchy pachatele a resocializace a zařazení pacienta do běžného života.