Zásadní problémy ASEK dle AliES a CZEPHO jsou:

• Do kalkulací jsou však dosazeny nerealisticky nízké náklady nových reaktorů, naopak cena šetrných zdrojů – například fotovoltaických elektráren – je nadsazena oproti trendům, které předpokládá například respektovaná Mezinárodní energetická agentura.

• Zvyšování podílu jaderné energetiky nevede ke zvýšení energetické soběstačnosti České republiky – například spotřeba zemního plynu naroste v ASEK do roku 2040 o 10 %.

• Potenciál obnovitelných zdrojů je v ASEK až o čtvrtinu menší než jak jej propočítala Nezávislá energetická komise (NEK) při vládě ČR.