Evropské ocenění „ECTS Label“ získala ČZU těsně před koncem roku 2013 na základě stanoviska nezávislých expertů, kteří posuzovali žádost ČZU o udělení této značky. Představuje čestný titul oceňující kvalitu univerzity, která správně aplikuje systém ECTS (Evropský systém přenosu a akumulace kreditů), a to jak ve vztahu k informacím publikovaným na univerzitní www stránce, tak i ve vztahu ke klíčovým dokumentům spojeným s mobilitou studentů.