V současné době je Česká republika jednou z posledních zemí v EU, kde proces HTA není formalizován. HTA mělo vstoupit v České republice v platnost ještě v tomto roce v souvislosti s harmonizací nařízení EU o přeshraniční zdravotní péči. Jen těžko je možné zakonzervovat medicínu v její současné podobě a ignorovat vědeckotechnický pokrok. HTA mělo pomoci kvantifikovat přínos, který nové intervence, léky i zdravotnické prostředky a technologie přináší. Pokud existuje v zahraničí ideální model HTA, tak je ideální právě v té dané zemi a při místních souvislostech a není tím pádem přenositelný. Proto je tak důležité věnovat maximální pozornost každému detailu přípravy. Metodu HTA by měl optimálně zpracovávat zahraniční odborník, který má mnohaleté zkušenosti a zároveň není zatížený lokální historií a současností.

Odborná veřejnost se zvědavostí očekávala avizovaný seminář na Ministerstvu zdravotnictví k problematice HTA, který se uskutečnil 21. června 2013. Celkový dojem na straně průmyslu je rozpačitý. Zatímco s probíhající dobou příprav by se očekávalo stále více otázek zodpovězených, nastolují se nové a nové. Větší jasno nepřineslo ani několik pilotních projektů, které představovaly vybrané zdravotní intervence či technologie – např. vakcína proti lidskému papiloma viru nebo chirurgický robot. Ukázalo se, že ani odborníci, kteří se po právu řadí k asi dvěma tuctům lidí v České republice podrobněji obeznámených s problematikou HTA, se neshodnou ani při formulaci zadání. Tedy k čemu se má při HTA zkoumání dospět. Podobně nejednoznačně to pak dopadlo i s formulací výsledků či závěrů. „Tak vážné téma jako HTA s tak rozsáhlými potenciálními dopady a s tolika nejistotami ve svém vínku, by stálo za to uložit na nějakou dobu do šuplíku a počkat na trochu stabilnější dobu,“ upozorňuje MUDr. Miroslav Palát, prezident asociace CzechMed.