Podle NKÚ zastihl rozvoj elektronického obchodování správu DPH nepřipravenou, a proto nejsou garantovány příjmy z této daně. Finanční správě jsou také vytýkány systémové nedostatky na úrovni EU. Podle GFŘ je ale problematika elektronického obchodování jak na úrovni EU, tak Finanční správou ČR aktivně řešena a závěry NKÚ nepopisují problematiku komplexně.

„Závěry uvedené ve zprávě NKÚ popisují nejproblematičtější oblast této činnosti, správu tzv. neusazených osob, kterou se mimo jiné snažila Finanční správa zefektivnit zásadními organizačními změnami. Ty ale svůj největší efekt přinesou s určitým časovým odstupem,“ řekl generální ředitel Finanční správy Martin Janeček.

Správa neusazených osob byla podle jeho slov z kapacitních důvodů od 1. září 2016 přesunuta z Finančního úřadu pro hlavní město Prahu na Finanční úřad pro Moravskoslezský kraj, který byl jedním z kontrolovaných subjektů. Změna správce takto rozsáhlé agendy s sebou nese řadu časově náročných procesů, protože řada subjektů je usazena v zahraničí a často nemají v České republice zástupce. Úřední komunikace s nimi je tak obvykle velmi obtížná. Očekávaný efekt tohoto kroku je ale dlouhodobý a v době kontroly NKÚ se tak nemohl plně projevit. Dalším organizačním opatřením pro lepší správu e-commerce bylo zřízení nového útvaru GFŘ od 1. ledna letošního roku, který mimo jiné pracuje s poznatky a zkušenostmi s internetovou vyhledávací činností jiných členských států i získávání údajů od přepravců a karetních společností.