Již dříve organizace Greenpeace a Hnutí DUHA upozornily na fakt, že podle údajů Evropské komise vzrostly elektrárně Chvaletice emise oxidu uhličitého o 43 procenta na 4,4 milionu tun (ZDE), tedy největší hodnotu za posledních 11 let, a stala se tak třetím největším zdrojem skleníkových plynů v České republice.

Kvůli emisím rtuti a oxidů dusíku, které nebudou splňovat nové emisní limity platné od roku 2021, si provozovatel elektrárny nyní žádá na Krajském úřadu Pardubického kraje o výjimku. Podle žádosti chce mít provozovatel možnost vypouštět až 421 kilogramů rtuti ročně (ZDE), sám tedy v budoucnosti zřejmě počítá s dalším navyšováním emisí rtuti.