Historie záchranné genofondové zahrady ve Vrchlabí při Správě Krkonošského národního parku se datuje do roku 1983. Od té doby zde pěstujeme řadu ohrožených druhů krkonošské květeny, z nichž část byla použita k posílení slábnoucích populací v přírodě. Za všechny je možno jmenovat koniklec jarní alpínský v Čertově zahrádce, vrbu bylinnou v Malé Kotelní jámě, jeřáb sudetský v Obřím dole nebo rozrazil chudobkovitý na vrcholu Sněžky. V současné době v zahradě uchováváme více než 300 druhů či klonů ohrožených krkonošských rostlin, tedy zhruba třetinu krkonošské flóry. Kolekce zahrnuje i obtížně pěstovatelné druhy, jako je třeba kropenáč vytrvalý či hadilka obecná.

Součástí zahrady je i pracoviště genetické banky. Pro uchování genofondu ohrožených druhů jsou semena, sebraná v terénu nebo v zahradě, po přečištění a testech klíčivosti ukládána k dlouhodobému skladování při teplotách - 18 °C. V současnosti jsou takto uchována semena 71 druhů rostlin z červeného seznamu flóry ČR. V blízkosti zahrady je i sad krajových odrůd ovocných dřevin, který je volně přístupný veřejnosti, a rastrové záhony s ukázkami typických krkonošských biotopů.

V letech 2018 až 2020 proběhla v rámci projektu OPŽP komplexní rekonstrukce jak genofondové zahrady, tak i vnitřních prostor a laboratorního vybavení genetické banky. Následně byly pěstované rostliny opatřeny přehlednými cedulkami. Tyto proměny zahradu pozvedly a umožnily ucházet se o přidružené členství v Unii botanických zahrad. Prezident i viceprezident unie při inspekční návštěvě naší zahrady ocenili jak odbornou, tak i logistickou, didaktickou a estetickou stránku naší genofondové zahrady. Na valné hromadě Unie dne 24. srpna 2021 pak bylo naše členství schváleno.