Na základě nového ochranného opatření, které vydala Hygienická stanice hlavního města Prahy, se opět od 1. září 2020 povinné pro cestující i veřejnost nosit roušku či mít jinak zakrytý nos a ústa ve všech vnitřních prostorách Letiště Václava Havla Praha. O povinnosti nosit roušku ve vnitřních prostorách letiště je informováno standardními informačními kanály, jako jsou polepy v terminálech, letištní rozhlas nebo hlášení v MHD směřující na letiště. Povinnost se vztahuje na všechny vnitřní prostory a neplatí například pro děti do dvou let, osoby s poruchou intelektu nebo osoby, které konzumují stravu či nápoje v prostorách stravovacích zařízení.

Cestující si mohou případně další ochranné pomůcky včetně roušek zakoupit na Letišti Václava Havla Praha buď přímo v obchodech, například v lékárně, prodejnách Relay či ve vybraných duty free obchodech, nebo v nově nainstalovaných prodejních automatech. V nich je možné pořídit nejen jednorázovou pokrývku dýchacích cest v podobě roušky, ale také respirátory, ochranné štíty, dezinfekční prostředky či jiné hygienické pomůcky, a to buď po jednotlivých kusech, nebo v sadách. Celkem čtyři automaty jsou rozmístěny v obou terminálech jak ve veřejné, tak v neveřejné části letiště, tedy jak na odletech, tak na příletech.