U Českých drah kontroloři například prověřovali, jestli podnik požadoval kompenzace ztrát z provozování vlakových linek ve správné výši. Největší problém vidí NKÚ v tom, že Ministerstvo dopravy dosud neotevřelo trh pro další dopravce. Podle plánu vlády z roku 2011 přitom mělo jen do konce roku 2015 vysoutěžit čtvrtinu všech dotovaných celostátních linek.

Otevírání trhu bránily především opakující se problémy mezi Českými drahami a dalšími potenciálními dopravci, které mělo ministerstvo vyřešit už minimálně v roce 2011. Jednalo se především o to, jak vyřešit užívání nádraží Českých drah ostatními dopravci. Resort nerozhodl ani o tom, jestli a případně za jakých pravidel by se mělo sjednotit vzájemné uznávání jízdenek mezi přepravními společnostmi. Tyto problémy představují jedny z podstatných důvodů, kvůli kterým ministerstvo nezadalo ani jednu vlakovou linku v otevřené soutěži.