Ve svém dopise z poloviny června Evropská komise uvádí, že ČR neplní od 13. července 2016 povinnosti, které pro ni vyplývají z rozhodnutí Rady EU. ČR podle Komise neinformuje v pravidelných intervalech o počtech žadatelů, které by mohla přijmout z  Řecka a Itálie. S tím ale Česká republika nesouhlasí. „Výtky ohledně neplnění kvót jednoznačně odmítáme. Navíc na území Itálie a Řecka není v současné chvíli nikdo, kdo splňuje podmínky pro relokaci, proto je jakákoliv nabídka ze strany ČR bezpředmětná,“ uvedl ministr vnitra Milan Chovanec. Dodal, že Česká republika byla na své území připravena přemístit celkem 50 osob – 30 osob z Řecka a 20 osob z Itálie.  Závazné nabídky (tzv. pledges) oznámila Řecku a Itálii dne 5. února 2016 a dne 13. května 2016. Po důkladných bezpečnostních prověrkách však ČR přijala pouze 12 osob z Řecka. Itálie v případě první nabídky nedodala potřebné doklady, na druhou nabídku vůbec nereagovala.