Kontroloři prověřili majetek za více než 752 milionů korun a prostředky za více než 349 milionů korun. Podle kontrolorů má ministerstvo nedostatky v účetnictví, pronajímalo prostory v centru Prahy za nižší nájemné, než mělo, a rostou jeho výdaje za vzdělávání dětí zaměstnanců. Ty se navíc liší země od země i o milion korun na jedno dítě a rok.

Ministerstvo postupovalo nehospodárně při pronajímání nebytových prostor v Rytířské 31 na Praze 1. Nájemné se třemi soukromými firmami totiž stanovilo dohodou, a nikoli ve výši v místě a čase obvyklé. Výše nájemného se navíc v letech 2012 až 2015 významně lišila. Zatímco první dvě firmy platily za metr čtvereční za rok mezi 6 a 7 a půl tisíci korun, třetí firma platila kolem 4,5 tisíce korun za metr čtvereční za rok. Tento nájemce tak zaplatil za čtyři roky minimálně o 2,2 milionu korun méně, než kdyby měl stejnou výši nájemného jako ostatní dva nájemci.