Z nich se následně sestavuje finanční výkaz. V těchto údajích ani v závěrečném účtu nemělo MMR významné nedostatky. V účetní závěrce ale NKÚ zjistil celkové nesprávnosti za více než 5,4 miliardy korun. MMR také neplnilo své povinnosti při hospodaření s majetkem státu.

Nesprávnosti v účetní závěrce vznikly zejména kvůli systémovým nedostatkům. Zveřejňované informace o hospodaření MMR tak v některých případech neodpovídaly skutečnosti. MMR například nevykazovalo správně informace o struktuře transferových nákladů. V účetnictví totiž nesprávně rozlišovalo podíl hrazený čistě ze státního rozpočtu a podíl, který představuje předfinancování ze státního rozpočtu. Ten by měla ze svého rozpočtu následně uhradit Evropská unie.

Nesprávně účtovalo MMR také o opravách chyb vzniklých v předcházejících účetních obdobích a o tvorbě rezerv účtovalo až při vzniku závazku. Tím zkreslilo vypovídací schopnost některých zveřejněných účtů. Další významnou chybou pak bylo, že MMR meziročně navýšilo na dvacetinásobek hranici, od které účtuje na podrozvahových účtech. V účetní závěrce tak vykázalo na některých účtech informace, které nebyly srovnatelné, srozumitelné a spolehlivé. MMR navíc neúčtovalo o vzniku významných podmíněných závazků z existujících soudních sporů.

V přehledu o změnách vlastního kapitálu podalo MMR výrazně zkreslené a nesprávné informace o pohybech vlastního kapitálu.