ČR patří k zemím EU, které živočišnou výrobu výrazně dotují. V letech 2015 až 2017 šlo na tuto podporu 21 miliard korun, z toho 10 miliard korun z fondů EU. I přes tento značný objem prostředků se státu nedaří zvyšovat soběstačnost v živočišné produkci. Největší nedostatky zjistil NKÚ u nastavení podmínek národních dotací.

Přestože se dotace do živočišné výroby od roku 2012 stále zvyšují, MZe se nedaří naplňovat strategické cíle, které si stanovilo. Například na chov prasat a drůbeže vzrostly dotace mezi lety 2012 až 2016 o 300 %. V roce 2017 se oproti roku 2015 snížily stavy hospodářských zvířat – dojnic a prasat – i míra krytí spotřeby hovězího a vepřového masa.

Největší nedostatky zjistil NKÚ u národního dotačního programu, který má pomoci chovatelům prasat a drůbeže v boji proti nákazám. MZe za tyto dotace proplatilo v kontrolovaném období 5,3 miliardy korun. Podmínky, které MZe nastavilo, nenutily příjemce chovat se hospodárně. Dotace tak například používali k úhradě předražených pronájmů čisticích a dezinfekčních strojů nebo k zaplacení odborného dozoru při čištění stájí, které si přitom prováděli vlastními silami.